住院医疗费用在新农合跨年可以报销,新农合报销时限是三个月。 一般在年末，各地方农合管理中心均会出台相应解决方案，大致有以下几种情况：

1、属于新农合定点医院的，一般在年末中途为患者结算、报销一次，然后再办理同病种连续住院，这样下年度第二次再报销不再扣除起付线；这样做是因为下年度，农合报销的药品、诊疗项目或者一次性材料可能发生变化，能最大限度使用下年度政策进行报销。

2、如果年前出院没有报销，下年度报销上年度的病例；需要看农合管理中心的相关政策了，一般报销方式是按往年的政策进行补偿，如果往年个人补偿达到封顶线将不能报销。