在工伤认定期间，考勤记录可以采取以下方式：

1. 请假记录：员工可以提交工伤认定申请后继续请假，考勤系统可以记录员工的请假情况。

2. 病假记录：如果员工因工伤需要休假，可以将其记录为病假。考勤系统可以记录员工的病假情况。

3. 特殊标记：在考勤系统中，可以为员工在工伤认定期间设置特殊标记，以区别于正常出勤员工。

4. 人工记录：如果考勤系统无法满足记录工伤认定期间的需求，可以通过手工方式记录员工的考勤情况，例如使用表格或者纸质记录表。

无论采用哪种方式，都需要确保记录的准确性和完整性，以便后续的工伤认定和相关处理。同时，与员工进行沟通和协调，确保员工的权益得到保障。