补充医疗保险扣除比例分为企业和个人。对于企业扣除比例和个人扣除比例由于地区不一样都会有所不同。个人缴纳比例为税前工资的2%+3元，单位为10%。

企业补充医疗保险费在职工工资总额5%以内的部分，企业可直接从成本列支;在职工工资总额4%以内的部分，列入成本。