股东出资款应当在公司的资本金账户中单独开立一个“股东出资款账户”。备注应当标明股东姓名、出资款项和时间以便于审计和核对。这样有利于公司管理、监管和报税等方面的工作。同时还可以增强股东的信任感和对公司的投资意愿。此外，公司还需要记录每个股东出资的具体内容和金额，方便统计和管理。在出资款项有变动时应及时更新和调整账户余额。