哈尔滨工程大学船舶工程学院以及水声工程学院是其最具优势的学院。船舶工程学院包含海洋运载技术，海洋工程技术，船舶与海洋平台总体技术，船舶与海洋工程结构力学等专业非常强；水声工程学院的水声工程专业也是非常强的专业。其它专业也相当强势。还学校基本代表我国海洋运输以及蓝海海军的水平。

哈工程最著名的专业就是"三海一核"，这些专业的录取分数线，不亚于清、北这两个院校。哈工程是我国海洋事业的开路先锋，海洋方面的专家、学者大多毕业于哈工程。

哈尔滨工程大学比较强的专业有船舶与海洋工程、能源与动力工程、轮机工程、自动化、水声工程、计算机科学与技术、机械设计制造及其自动化。