最大的区别在于用途。公章是法人章。是代表这个单位的。而且是唯一的。在所有涉及这个单位的各种事项中公章就意味着确认，同意，批准或认可。而合同章的作用仅限于相公的合同。

根据业务工作需要，一个单位可以有多枚合同章，都有编号，还刻上了是什么样的合同专用。它只在相对应的合同上有效。