沈阳方特99元和140元门票的主要区别在于可玩的项目和时间。

99元门票是夜场票，入园时间是16:30，可以体验的游乐项目会比较少，而且一些设施可能不会开放。而140元门票是全天的，入园时间是09:30，可以体验沈阳方特全部的游乐项目和演出，享受更全面的游玩体验。

以上信息仅供参考，建议根据自身需求选择合适的门票。