南通出发到云南的交通方式主要有飞机和火车。南通机场有直飞昆明的航班，飞行时间约为3.5小时。

火车方面，可以先乘坐南通到上海的高铁或普通列车，再从上海徐家汇站或上海虹桥站转乘K282/K284次列车到昆明，大约需要37个小时左右。