常州医保卡在南京药店肯定是不能用的，因为常州的医保和南京医保的结算系统没有联网，所以医保卡在异地无法被识别，故不能使用。而且，药店里面并不是所有的药都可以用医保卡购买，一张异地的医保卡根本就无法在药店里面进行身份确认和使用。