哈尔滨学院院校代码有两个是因为学校在不同的时间注册了两个办学许可证。

根据教育部的规定，原有的办学许可证不允许修改，而只能新注册一个新的办学许可证。

所以哈尔滨学院在不同的年份分别获得了两个不同的办学许可证，也因此产生了两个不同的院校代码。