根据目前的信息，南京市的自来水厂主要有以下几个：

1. 南京自来水有限公司：南京市自来水供应的主要企业，负责南京市的自来水生产和供应工作。

2. 南京江宁自来水厂：位于南京市江宁区，是江宁地区自来水的主要供应单位。

3. 南京溧水自来水厂：位于南京市溧水区，是该区域自来水的主要供应单位。

4. 南京高淳自来水厂：位于南京市高淳区，是该区域自来水的主要供应单位。

这些自来水厂负责生产和供应南京市及其各区的自来水，以保障居民和企事业单位的生活用水和生产用水需求。

两家：

南京市栖霞区龙潭镇自来水厂

南京市栖霞区摄山镇自来水厂