在高等生物中，两点测验与三点测验相比，两点测验需要测三次才能确定三个基因的相对位置，即需要不同的子代去测量，也就无法保证所有子代处于相同的遗传背景。

考虑到环境对遗传的影响，结果容易出现误差。而三点测验只需要一次杂交与测交，所有子代遗传背景相同，也就更加准确。另外就是，两点测验做三次比较麻烦。