科属不同：节菖蒲通常指九节菖蒲的干燥根茎，它属于毛茛目毛茛科银莲花属。

而石菖蒲天南星目天南星科菖蒲属的植物。分布不同：节菖蒲通常生长在海拔1200-1800m的山涧和灌木丛中，石菖蒲通常生长在海拔20-2600m的山沟流水石砾之间。