丢失的话不同情况要不同分析。

如果丢失的是防伪税控系统开具的增值税专用发票，该发票丢失前如果对方已通过防伪税控认证系统的认证，我们可凭销货单位出具的丢失发票的存根联复印件及销货方所在地主管税务机关出具的“增值税一般纳税人丢失防伪税控开具增值税专用发票已抄报税证明单”，经购货单位主管税务机关审核批准后，作为增值税进项税额抵扣的合法凭证抵扣进项税额。