昌吉学院临床医学的学生主要的就业方向是城乡基层医疗卫生机构，他们将在这些机构中从事医疗、保健及公共卫生服务等工作。此外，他们也可以选择在医疗卫生机构从事临床各科的医疗、预防工作及医学教学和研究工作。