1、区别一：级别不同。省妇幼隶属江苏省，属省级医院，市妇幼隶属南京市，属市级医院。

2、区别二：成立时间不同。省妇幼要成立时间要远远晚于市妇幼。

3、区别三：知名度不同。在南京，凡生孩子首选肯定是市妇幼，省妇幼是省人民医院分院，现人流量也开始变大了。

江苏省妇幼保健院由省人民医院分离出来，位于河西龙园北路，属鼓楼区；南京市妇幼保健院位于秦淮区的石鼓路上。除地点不同外，市妇幼是专科医院，而省妇幼可以挂其他门诊。