三本和两本毕业证在学术上是等同的，毕业生都可以凭借毕业证书证明自己的学历水平。不过，根据国家规定，学士、硕士、博士的学学术程度和学历等级是不同的。

因此，在一些需要借助学历层次考试或者职业资格认证的领域中，例如考研、外语水平考试、职业资格认证等，需要明确自己的学历等级。简单来说，三本和两本毕业证虽然本质上是相同的，但在一些应用场合，学历等级会产生差异。