1994年，联想公司的两大核心人物柳传志和倪光南产生了严重的分歧，总工程师倪光南主张走技术路线，选择芯片为主攻方向；

而总裁柳传志主张发挥中国制造的成本优势，加大自主品牌产品的打造。

柳倪之争后来被认为是代表了中国企业“贸工技”和“技工贸”两条路线的争斗。

这场争议的焦点就是，联想要不要开发研究自己的芯片技术。

柳传志觉得，如果一个企业去搞芯片研究，那就是个笑话。

倪光南虽然被解聘、临近退休，还是想办法多方奔走、召集人员与资金，自己不要钱、不要股份，一心开发“中国芯”

2001年之后，“方舟1号”“方舟2号”相继诞生。

但与CPU相配套的是操作系统与软件。自己无法完全独立开发操作系统与微软抗衡，没有系统，就不可能吸引人来进行软件开发，CPU就无法进入市场进行商用，政府也无法单独采购，最终，“方舟3号”胎死腹中。

此后，由于投出的资金没有收益与产出，再也没有过企业与他进行合作。

对倪光南院士，在“众人皆醉我独醒”的年代里，始终坚持本心，为民族产业摇旗呐喊，更是值得每一个中国人去尊敬的科学家。

柳传志倪光南相争以后，倪光南离开联想公司，去做了中国中文信息协会的理事长。

倪光南1994年被遴选为中国工程院首批院士；1999年被联想集团解聘；2002年至2011年担任第五、六届中国中文信息学会理事长；2011年获得中国中文信息学会终身成就奖；2015年获得中国计算机学会终身成就奖。

倪光南离开联想后，依然从事科研工作，目前是中国工程院院士。

倪光南离开联想后先加入了李德磊的方舟BBT，倪光南以战略市场部副总裁的身份加盟公司后，重点推广应用国产NC和内嵌的Linux软件产品，研发芯片。不久后退出。

历经联想和方舟的挫折后，倪光南没有再加入一家公司，但一直致力于推广国产操作系统、芯片、软件和文档格式国家标准UOF等开放标准。

2013年，倪光南发起成立了“中国智能终端操作系统产业联盟”，希望统一标准，依靠应用商店模式构建一个软硬件生态系统。

倪光南院士离开联想之后就没有加入其他公司工作了，最近一次与公司有关的是在2010年。在2010年11月17日已经过会的北京君正电路股份有限公司（以下简称“北京君正”）的股东名单上，自然人赵明漪持有120万股，位列公司第十大股东。有知情人士透露，自然人赵明漪是倪光南的妻子，此次持股实际上是代倪光南持有。