哈士奇毛长的长短主要是由基因决定的。长毛的哈士奇具有隐性长毛基因（LL），短毛的哈士奇具有显性短毛基因（ll），而中毛的哈士奇则拥有一个隐性长毛基因和一个显性短毛基因（Ll）。

遗传时，如果亲代都是长毛哈士奇（LL），那么子代必然是长毛；如果亲代一方是长毛（LL），另一方是中毛（Ll），则子代有50%的概率是长毛，50%的概率是中毛；如果亲代双方都是中毛（Ll），则子代有25%的概率是长毛，50%的概率是中毛，25%的概率是短毛；如果亲代一方是中毛（Ll），另一方是短毛（ll），则子代均为中毛；如果亲代双方都是短毛（ll），则子代必然是短毛。