区别主要是地理位置，医疗技术是相同的，都是在赣州市中心城区。新医院区位于经开区黄金大道，老医院区位于赣州市老城区青年路。新医院区一般是医疗器械和设施较好新，住宿条件好，但比较偏远；老医院区是医疗器械和设施好旧，住宿条件也稍差，但方便就医。