纯种德国牧羊犬毛发的基本颜色应该是黑色，并伴有云状的黑毛，同时其背部和面部也均为黑色。

再有，牧羊犬的胸肋部可以是白色，但这种颜色是不甚理想的。牧羊犬的下层体毛应为浅灰色。白色是不被允许的。德国牧羊犬的颜色多变，大多数颜色都是允许的。浓烈的颜色为首选。黯淡的颜色、褪色、兰色及肝色为严重缺陷。白色狗为失格。