珠海香洲码头到东澳岛的航船班次时间是根据季节和天气情况而定的。通常情况下，旺季时船只班次较多，可以选择不同时间出发，包括早上、中午和下午。而淡季时，船只班次会相应减少，仅有几个固定的出发时间。具体的班次时间可以通过电话预定或者到码头咨询。建议提前了解船只班次时间，以免耽误行程安排。