要扣全勤奖。虽然你这里是因为交通事故，非你本人的意愿出现的迟到，但是你迟到这件事情是事实，上班途中出现交通事故是意外，但这个意外也不是公司应该承担的，按照公司的奖励管理办法，你迟到请假了，那你当天就没有按时出勤，你当月就不算全勤，扣你的全勤奖很正常。