如果您在搭乘重庆轻轨时遭遇多次扣费，可以通过以下步骤申诉：

收集证据：保留扣费记录、行程信息和乘车卡等相关凭证。

联系轻轨运营方：拨打客服热线或前往车站客服中心，说明情况并提供证据。

填写申诉表：按要求填写申诉表，详细描述扣费情况和申诉理由。

提交申诉材料：将申诉表连同证据材料一同提交至轻轨运营方。

等待调查结果：轻轨运营方会对您的申诉进行调查，并及时反馈处理结果。