南京站地铁站位于南京站北广场。虽然南京站南广场也有一个出口名为“南广场地铁站”，但它并不是真正的地铁站，而是一个地下通道连接南广场和南京站，只有两个出入口和一些商铺。南京站地铁站则是真正的地铁站，属于南京地铁1号线和3号线的换乘站，是连接南京市内各个区域的重要交通枢纽。因此，南京站北广场才是南京站地铁站的真正所在地。

三号线在北广场的下方。如果一定要去南广场的话，需要走换乘通道、一直走到一号线的站台上去、然后走到站台顶头出站，从一号线的站台上去后就是南广场。

地铁站在南京北广场，去南京站坐火车如选交通工具乘座地铁在南京站下到达北埸，如是南广场上乘车检票只需通过北广场直走达南广场就可。