《京师同文馆馆规》规定：“馆中功课，以洋文、洋语为要。洋文、洋语已通，方许兼习别艺。”

京师大学堂课程设置分普通学科和专门学科两类。普通学科为全体学生必修课，包括经学、理学、掌故、诸子、初等算学、格致、政治、地理、文学、体操10科。

专门学科由学生任选其中一门或两门，包括高等算学、格致、政治、地理、农矿、工程、商学、兵学、卫生学等科。另设英、法、俄、德、日5种外语，学生凡年在30岁以下者必须修一门外语，30岁以上者可免修。