根据我查到的资料，南京工商地址跨区变更流程如下：

1. 首先，需要在新注册地的直属外经委办理同意迁入本地区的同意函。

2. 然后，需要到原注册地的外经委办理注销迁移批准证书。

3. 最后，需要到新的注册地的直属外经委办理迁入本地区的同意函。