1. 在于它们的位置和服务对象不同。

2. 澳门外港客运码头位于澳门半岛南端，主要服务对象是前往香港、深圳等地的旅客，也有前往珠海、江门等内地城市的航线。而澳门港澳客运码头位于澳门半岛北端，主要服务对象是前往珠海、香港机场、香港迪士尼等地的旅客。

3. 此外，澳门外港客运码头也有前往澳门国际机场的直达航线，而澳门港澳客运码头则提供前往澳门机场的巴士服务。因此，旅客在选择码头时需要根据自己的目的地和交通方式做出选择。