爷孙鉴定和父子鉴定是亲子鉴定的两种类型，它们的区别主要在于被鉴定的亲属关系不同。

父子鉴定：父子鉴定是指确定父亲与子女之间的亲子关系。通过比对父亲和子女的DNA样本，分析两者之间的遗传信息，从而确定是否存在亲子关系。这种鉴定通常用于确认生物学上的父子关系。

爷孙鉴定：爷孙鉴定是指确定祖父与孙子（或孙女）之间的亲属关系。通过比对祖父、父亲和孙子（或孙女）的DNA样本，分析三者之间的遗传信息，从而确定是否存在亲属关系。这种鉴定通常用于在无法直接进行父子鉴定的情况下，通过间接的方式确定亲属关系。

总结来说，父子鉴定是确定父亲与子女之间的亲子关系，而爷孙鉴定是确定祖父与孙子（或孙女）之间的亲属关系。两者都是通过比对DNA样本来进行分析和判断，以确定亲属关系。

匹配度不同 父亲的匹配度高于爷爷的匹配度,因为爷孙隔了一代,不可能高于父亲的匹配度

遗传基因不同 祖孙的遗传基因大都是相同的,但还是有小部分不同。