重庆医药高等专科学校毕业生的就业去向多种多样，包括但不限于以下几个方面：

就业单位：毕业生可以选择到各类医院、诊所、药店、保健机构等医疗机构工作，也可以到制药企业、医疗器械企业、卫生材料生产企业等医疗相关企业从事生产、销售、质量检验等工作。

升学深造：毕业生可以选择通过专升本、考研、出国留学等方式继续深造，提高自己的专业水平和综合素质。

自主创业：毕业生可以选择自主创业，开设自己的医疗机构或医疗相关企业，实现自主就业。

总之，重庆医药高等专科学校的毕业生有着广泛的就业去向，他们在医疗行业和社会各界都有着广阔的发展空间。