机卡分离违约金要扣费6个月。卡机分离违约金就是说,合约机如果办理了机卡绑定,机卡分离后手机卡和手机都不能使用在别的手机或手机卡里,如果出现了这种情况就要支付违约金,

根据相关的营业厅管理办法规定,如果持卡人出现在合约内出现长期卡机分离的情况,要每月根据具体情况扣费,时间为6个月。