福建农林大学共有2个国家重点学科、2个农业部重点学科、7个国家林业局重点学科，9个福建省特色重点学科、21个福建省重点学科和3个省级优势学科平台。

在全国第三轮学科评估中，1个学科进入全国前5名，4个学科进入全国前10名。