1、上海站是主站，全国各地的火车都有。上海南站是南面的车多，而且多是短途的车。车票上会注明（上海南站）字样。

2、上海站，位于上海市静安区秣陵路303号。上海火车站位于上海闸北区，是上海客流量最大的火车站，也是上海轨道交通的站名。上海市民通常称之为“新客站”，以区别老的上海火车站（即老北站）。上海站主要是去往西和北的列车，既有高铁、动车，又有牵引列车。

上海南站，位于上海市徐汇区沪闵路9001号。主要是南下的列车，兼有往南京等北方城市的列车。每天到发旅客列车33对，无高铁、动车，只有牵引列车。

3、南站是发上海以南地区的车。上海火车站是发往以北的列车。上海和上海南显然不是同一车站，上海南在徐汇区，而上海在闸北区，两站之间有地铁1，3号线连接。

区别很大的。

首先两个站的地址就不一样。上海南站是位于上海徐汇区沪闵路，主要是以客运和货运为主。而上海站是位于上海静安区的秣陵路，主要以客运为主。

还有上海站和上海南站的路线也不同，上海站主要是：京沪铁路、沪昆铁路还有沪宁城际铁路，那上海南站的主要路线是：京沪铁路、沪杭铁路以及金山铁路。