联系很深。

北京大学医学部前身是北京医科大学，2000年与北京大学合并后更名为北京大学医学部。

两校合并后，北京大学医学部在行政体制上隶属于北京大学，医学部学生的毕业证由北京大学颁发，从这一点来说，两者没有区别。

但在招生录取、教学管理层面，北大医学部一直是相对独立的——单独的招生代码、单划分数线。由于独立招生，北京大学医学部的录取线低于北京大学，有些省份、某些年份甚至要低20分左右。

北京大学医学部和北大的关系肯定是北大医学部属于北京大学的一部分，所以考上了北大医学部就算考上了北京大学。