有区别，区别是签注有效期不同

三个月一次指三个月内可往返一次

一年一次指一年内可往返一次

签注办理的具体流程如下

一、办理材料

1、《中国公民出入境证件申请表》

2、《居民身份证》

3、符合《出入境证件相片照相指引》标准的相片

4、申请事由的相关证明材料

有区别；三个月一次的签注告诉你持港澳通行证只能在三个月的有效期内一次进出港澳地区。同理，一年一次有效期内进出港澳地区。申请办三个月一次或一年一次的申请条件是一样的，只不过是你想办三个月一次或一年一次类型的签注时间申请不一样而已。