淮海工学院的王牌专业共有3个，其中国家品牌专业2个，分别是化学工程与工艺专业以及水产养殖学专业；国家重点专业1个，是海洋资源与环境专业。这三个专业是国家级重点学科，也是淮海工学院的王牌专业，更可以说是淮海工学院的人才聚集地。