南京南站到南京站可以乘坐地铁3号线。乘客可以在南京南站地铁站乘坐3号线北延段，经过5个站后到达南京站地铁站。乘坐地铁3号线是非常方便快捷的选择，全程大约需要15分钟左右。

3号线是南京地铁的主要线路之一，连接了南京南站和南京站，方便乘客在两个车站之间快速交通。