有区别，这是两个完全不同的火车站！

温州站：位于温州市鹿城区温州大道，位于金温铁路线上，只有普速火车停靠！

温州南站：位于温州市瓯海区潘桥街道，位于甬台温铁路线上，停靠动车和高铁！