农村信用社扶贫贷款5万元的还款方式主要是到期还本付息的，随着国家对扶贫的不断重视，相继推出了一些便于扶贫户脱贫的一些利民政策，可以给贫困户进行一些扶贫贷款，他的贷款利率是非常低的还款方式也是非常合理的，一般都是贷款到期后一次性偿还就可以了