开航初期福州航空投入运力规模为3架波音737-800飞机，以国内航线为主，开通福州至上海浦东、海口、昆明、太原、重庆、西安、天津等往返航线。

福州航空将抓住海峡西岸经济区发展战略、福建自贸区建设、福州新区规划的契机，立足福建、面向海峡，整合政府及混合所有制公司股东的优势资源，开展国际及港澳台航空客货邮运输业务，推出立体交通、酒店餐饮、旅游度假等一体化、网络化的服务产品。