南京江宁新员工入职办理社保的流程如下：

1. 签订劳动合同：用人单位与新员工签订劳动合同，合同中应包含社会保险等相关条款。

2. 办理就业登记：用人单位需在江宁区劳动就业管理中心为新员工办理就业登记。

3. 社保登记：用人单位携带相关材料到江宁区社保中心办理社保登记手续。所需材料可能包括：企业营业执照副本、组织机构代码证、税务登记证、新员工身份证复印件、劳动合同等。

4. 确定缴费基数：根据新员工的工资水平，确定社保缴费基数。

5. 缴纳社保费用：用人单位按照规定的缴费比例，为新员工缴纳社会保险费用。

具体办理流程和所需材料可能因地区和政策而有所不同，建议用人单位在办理前咨询当地社保部门或相关机构，以确保办理顺利。