三丘田码头更方便。因为三丘田码头是离香港市区最近的出境口岸，到达香港市区比较方便；而内厝澳码头则位于厦门市的岛屿地区，交通相对较为不便。此外，三丘田码头到达澳门也比内厝澳码头方便，可以直接乘坐轮渡到达澳门。如果要前往福建省的高铁站，则也可以从三丘田码头直接坐轮渡前往厦门北站，比较方便。但如果想要游览厦门市的岛屿，内厝澳码头则更为方便。