《隐秘的档案》中鸟巢的通关攻略如下：

进入游戏后，首先点击桌子上的纸条，以了解游戏规则。接着，分别点击左右两只鹦鹉一次。

将苹果移给右侧的鹦鹉，香蕉移给左侧的鹦鹉，然后把话筒移给黄色的鹦鹉。

接下来，将毽子移给红色鹦鹉。当出现选项时，选择忽视它们，而是点击远处的鸟巢广告牌。

来到新的场景后，上划桌布找到纸条，以了解新的规则。然后，分别找出八块腹肌、空鸟笼、标本架、地上的血迹等疑点。在出现的选择中，选择“你是丑八怪”。

接着会出现新的选择，同样选择忽视它们，而是点击鹦鹉。拖动花盆砸向老板，然后点击黄色的小鸟。

在新的场景中，当出现选择时再次选择忽视，而是点击老板的口袋，以找到病历单。然后，将毽子和话筒分别移给黄色和绿色衣服的女孩。

完成以上步骤后，你就成功通关了鸟巢这一关卡。请注意，这些步骤可能会根据游戏版本或更新内容有所变化，所以如果遇到问题，建议查看游戏的官方指南或论坛，以获取最新的通关信息。