南开更好一些。南开和武大都是双一流A类大学，985/211建设高校。南开大学坐落天津，是以理科，文史类强而著称的，南开大学在我国第四轮学科评估中有14个A类专业，其中化学，经济，金融，数学，历史等排名全国前三。武汉大学坐落于湖北省武汉市。是一所综合类大学，在我国第四轮学科评估中有12个A类专业，但是就理科专业化学专业来比较，南开大学略胜一凑。