两个都很好，复旦大学和上海交大都是全国重点985大学，都是教育部管理的综合类大学，学校的很多院系都是国家重点学科，能考上两所高校的都是优秀人才，毕业生深受社会好评。

一般交大医学院会比复旦医学院更加好。因为负担属于更综合性的大学，而且交大的医学专业排名高于复旦，所以交大医学院更好

关于复旦医学院和交大医学院哪个好的问题应该是复旦医学院相对要好一些。因为复旦医学院的前身就是上海第一医院有医学基础。

复旦大学医学院要更好一些，学校录取分数更高，每个专业分数线也不同。重点专业有：生物学、基础医学、中西医结合等等都很不错。

从高考的难考程度来看，是交通大学医学院更难考一些，因为交通大学的临床是全国第一，复旦大学只有护理专业超过交通大学的医学院，其他都不如交通大学医学院