待遇不一样。在编教师是国家统筹拨款，根据政策工资会有提高。不在编制属于学校自筹自拨，所以工资相对较低。另外编制教师保险和公积金由国家统一发放，代课教师没有公积金，保险应该在工资内。除了工资外单位逢年过节的福利就要看单位领导人品了。