原因大致有几点：

第一，跟海水流动程度有关；近海洋流翻起海底腐植质影响海水清洁度。

第二，是水中泥沙等混杂物含量；

第三，近海比较浑浊，污染物比较多，海水比较浅，沉积物能看到，深海颜色就比较纯了，污染物扩散开了，就显得清澈。

第四，海水是多种可溶盐类，微生物类，腐植质等多种杂质的混合水溶液。

珠江口海域外来污染物的入侵，加上人为的污染使之雪上加霜，另外，深圳湾海域水体交换效率较差，难以新陈代谢。

其地理位置相对封闭，靠近陆地，波浪相对较小，潮水不够顺畅，而且海底地势比较平缓，不利于海水进出，所以形成了相对封闭的小湾。如果强行打通开口，可能会造成海水污染和生态破坏。

主要是因为海岸浅方位、海潮和风向造成的，同时也是因为近海有养殖、有生活区等因素。大连市的海岸线多数是在＂南海＂，只要是刮北风，西北风，东北风等，海水里的垃圾、飘浮物、水草、海菜等一些东西都会汇集，飘浮到海岸边，看上去很脏，尤其是潮水大的时候更明显。