上海南站采取1、3号线统一编号的方式，其中1-3号口位于3号线站厅，4-6号口位于1号线站厅，7号口位于1、3号线换乘通道中。

1号口：位于3号线站厅，石龙路南，柳州路西（通往柳州路）。

2号口：位于3号线站厅，石龙路南，柳州路西（通往上海南站南广场公交枢纽站）。

3号口：位于3号线站厅，通往上海南站南北广场通道、南进站口和东南出口。

4号口：位于1号线站厅，通往上海南站南北广场通道、北进站口和东北出口。

5号口：位于1号线站厅，地下出口，通往沪闵路。

6号口：位于1号线站厅，沪闵路南侧，柳州路西（通往上海南站北广场公交枢纽站）。

7号口：位于1、3号线换乘通道，预留出口，暂未开放。