截至2018年4月，淮海工学院拥有6个硕士学位授权一级学科，5个硕士专业学位授权点。

硕士学位授权一级学科（6个）：海洋科学与技术、机械工程、化学工程与技术、中国语言文学、材料科学与工程、控制科学与工程

硕士专业学位授权点（5个）：农业推广、测绘工程、公共管理、国际商务、药学