从业资格证超出六年换证三年，可以选择去相关部门进行换证。

根据《道路运输从业人员管理规定》，超过从业资格证件有效期180日未申请换证的，驾驶员从业资格证会被注销。从业资格证过期未满180天，可凭身份证、驾驶证及照片到驾校报名学习，考试通过后，重新领取道路运输从业人员从业资格证。

因此，如果从业资格证超出有效期三年，需要重新参加考试，考试通过后才能换发新的从业资格证。在换证时需要携带身份证、驾驶证、从业资格证、一寸白底彩照等材料。